Der primäre Endpunkt ist das Hauptergebnis, das eine Studie messen soll; er wird im Voraus als die relevanteste und überzeugendste Prüfung ihrer Hauptfrage festgelegt.
In der Regel sollte es nur einen geben, und seine genaue Definition sollte im Protokoll, dem schriftlichen Plan der Studie, festgelegt werden, damit er nicht nachträglich umdefiniert wird. Andere Ergebnisse sind sekundäre Endpunkte, die das Hauptergebnis stützen oder andere Fragen beantworten. In der Phase-2-Studie zu Retatrutid war der primäre Endpunkt die Veränderung des Körpergewichts nach 24 Wochen, während die Veränderung nach 48 Wochen, als die Behandlung endete, ein sekundärer Endpunkt war.